В начале этого года лаборатория ПЦР ГК Алкор Био методом in silico провела анализ возможного влияния мутаций в геномах различных штаммов коронавируса SARS-CoV-2 на работу набора реагентов «Интифика SARS-CoV-2», выпущенного компанией в 2020 году. Полученные данные показали, что набор реагентов «Интифика SARS- CoV-2» может детектировать по всем трём мишеням РНК штаммов коронавируса нового типа, циркулирующих в настоящее время на территории всех континентов и объявленных ВОЗ как потенциально опасные.
Руководитель лаборатории ПЦР ГК Алкор Био Анастасия Лисок:
«В своей работе мы использовали открытые данные по нуклеотидным последовательностям геномов новых штаммов коронавируса, и методами компьютерного анализа in silico сравнили их с нуклеотидными последовательностями участков-мишеней для определения коронавируса, используемых в нашем наборе. Анализ показал, что мутации новых штаммов не затрагивают эти мишени».
ГК Алкор Био в своём ПЦР тесте на SARS-CoV-2, как и многие производители, использует в качестве мишеней регионы ORF1ab и N субгеномной РНК вируса. Но вирус мутирует, этому способствует его высокая контагиозность и быстрое распространение. Есть риск, что изменчивость приведёт к потере чувствительности тест-систем, существующих на рынке сегодня. Поэтому, изучив геномные базы данных, разработчики ГК Алкор Био добавили третью мишень - ORF8. Этот локус – отличительная особенность вируса SARS-CoV-2, и у других коронавирусов, вызывающих ОРВИ человека, он либо отсутствует, либо сильно изменён.
Таким образом, набор реагентов «Интифика SARS-CoV-2» производства ГК Алкор Био с использованием трёх SARS-CoV-2-специфических мишеней можно применять не только в качестве основного для выявления вируса SARS-CoV-2, но и в качестве подтверждающего, если, скажем, у лаборанта, работающего на других тест-системах, возникают сомнения в достоверности того или иного результата.
Для анализа in silico были использованы геномные последовательности штаммов вируса SARS-CoV-2, определённых Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) как варианты, вызывающие обеспокоенность, и которым были присвоены буквы греческого алфавита в качестве обозначения того или иного штамма вируса.
Ранее было показано, что мутации значимых штаммов коронавируса нового типа Alpha, Beta, Gamma, Delta, Epsilon, Zeta, Eta, Theta, Iota, Kappa, Lambda, Mu не влияют на работу набора реагентов «Интифика SARS-CoV-2». Дополнительно был проведен анализ геномных последовательностей наиболее распространенного на сегодняшний день штамма Omicron, которые были загружены из базы данных GISAID. В таблице представлены обозначения и количество проанализированных геномных последовательностей субтипов штамма Omicron.
Список проанализированных субтипов штамма Омикрон коронавируса SARS-CoV-2
|
Обозначение ВОЗ |
Обозначение согласно PANGO lineage |
Количество проанализированных геномных последовательностей |
|
Omicron |
B.1.1.529 |
950 |
|
BA.2 |
430 |
|
|
BA.2.75 («кентавр») |
291 |
|
|
BQ.1 («цербер») |
935 |
|
|
BQ.1.1 («цербер») |
739 |
|
|
BQ.1.2 |
325 |
|
|
BQ.1.3 |
142 |
|
|
BQ.1.4 |
121 |
|
|
XBB |
792 |
|
|
XBB.1 |
796 |
|
|
XBB.1.5 («кракен») |
749 |
Анализ in silico проводился путём выравнивания геномных последовательностей каждого из штаммов коронавируса нового типа между собой и относительно референсной последовательности вируса SARS-CoV-2, взятой из базы данных NCBI (NC_045512.2 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome), а также относительно последовательностей специфичных мишеней, используемых в наборе реагентов «Интифика SARS-CoV-2» для выявления РНК коронавируса: ORF1ab, ORF8 и N.
Для выравнивания и анализа геномных последовательностей коронавируса SARS-CoV-2 использовалось программное обеспечение Unipro UGENE v.34-v.44.
В ходе анализа было проверено, находятся ли геномные мутации, характерные для каждого рассмотренного штамма коронавируса SARS-CoV-2, в регионах связывания мишеней-специфических праймеров и зондов набора реагентов «Интифика SARS-CoV-2». Анализ показал отсутствие таких мутаций в геномах штаммов коронавируса, перечисленных в таблице.
Таким образом, набор реагентов «Интифика SARS-CoV-2» может детектировать по всем трем мишеням РНК штаммов коронавируса нового типа, циркулирующих в настоящее время на территории всех континентов и объявленных ВОЗ как потенциально опасные.
