Заключение апробации набора «Муковисцидоз-БиоЧип», предоставленного компанией «Алкор Био» в ФГБУ НИИ медицинской генетики СО РАМН (Томск)

Апробация набора «Муковисцидоз-БиоЧип» фирмы «Алкор Био» для выявления 25 мутаций в гене CFTR(F508del, Delex2-3, 2143delT, G542X, G551D, 2184insA, W1282X, N1303K, 3732delA, 1717+1G>A, 1677delTA, 2183AA→G, S1196X, 3821delT, R553X, 1078delT, I507del, 2789+5G>A, R1162X, 3849+10kbC>T, G85E, 621+1G>T, R347P, R347H, R334W) проводилась в лаборатории наследственной патологии ФГБУ «Научно-исследовательский институт медицинской генетики» СО РАМН. Для проведения сравнительного исследования фирмой «Алкор Био» было предоставлено 5 наборов «Муковисцидоз-БиоЧип».

В предпринятом тестировании использовались образцы ДНК от пациентов с подозрением на муковисцидоз. Все препараты ДНК (в конечном TE-буфере) были выделены  ранее из лейкоцитов (полученных из образцов венозной крови пациентов) по стандартным методам, один из представленных образцов ДНК (№15) получен из биоптата тканей хориона (выделение ДНК осуществлено также стандартным методом) при проведённой ранее в НИИМГ пренатальной ДНК-диагностике в отягощенной муковисцидозом семье.

Все образцы ДНК были протестированы ранее в НИИ медицинской генетики с панелью на 22 мутации гена CFTR: F508del, I507del, 1677delTA, CFTRdele2,3 (del 21 kb), R334W, R347P, G542X,  G551D, R553X, 2143delT, 2184insA, 394delTT, 306delTAGA, 3821delT, L138ins, 2176insC, N1303K, 2183delAA, 2183AA→G, W1282X, 3944delGT, R1162X.

При анализе мутаций с набором «Муковисцидоз-БиоЧип» для постановки реакций ПЦР-аплификации использовался ДНК-амплификатор “GeneAmp PCR System 9700” фирмы “Applied Biosystems” (США), регистрация результатов осуществлялась на сканере «SureScanMicroarrayScanner» фирмы «AgilentTechnologies».

Всего исследовалось 26 образцов ДНК. Результаты параллельного исследования (выявленные генотипы в образцах ДНК и сравнение результатов) представлены в итоговой таблице (приложение 1). По итогам исследования в 22 случаях (84,62%) выявлено полное совпадение результатов определяемых генотипов (приложение 1). Частичное соответствие результатов зафиксировано в 1 случае (3,85%, образец №8): мутация 2143delT выявлена, а расхождение результатов по компаундной мутации 394delTT обусловлено её отсутствием в группе мутаций детектируемых с применением тестируемого набора «Муковисцидоз-БиоЧип» фирмы «Алкор Био». Ещё в 1 образце (3,85%) наблюдаемое несоответствие результата также обусловлено отсутствием мутации (L138ins) в панели набора «Муковисцидоз-БиоЧип». В двух образцах (7,69%, образцы №3 и №4) наблюдалось расхождение результатов определения генотипов (не удалось выявить имеющиеся в образцах мутации R334W и W1282X). Разработчик произвел ре-дизайн указанных мишеней, и набором последующей серии мутации в образцах №3 и №4 были идентифицированы.

По итогам исследования с применением тестируемого набора «Муковисцидоз-БиоЧип» подтверждено выявление мутаций (с возможностью дискриминации их гетерозиготного или гомозиготного состояния): F508del, CFTRdele2,3 (del 21 kb), G542X, R553X, 2143delT, 2184insA, R1162X, N1303K. Повышена чувствительность набора  по выявлению мутаций R334W, W1282X.

На основании проведенного сравнительного анализа с референсным методом можно констатировать достаточную диагностическую эффективность набора «Муковисцидоз-БиоЧип». Набор может быть рекомендован для использования в целях подтверждающей ДНК-диагностики муковисцидоза и медико-генетического консультирования, в том числе, для пренатальной диагностики.

Скачать оригинал можно по ссылке Aprobation CF-BioChip.pdf.