Технология разработки и перспективы применения ДНК-микрочипов в лабораторной диагностике заболеваний муковисцидозом.

Технология ДНК-микрочипов успешно применяется для invitro диагностики и исследований изменения нуклеотидных последовательностей, ассоциированных с развитием различных патологий.

Группа компаний Алкор Био активно занимается разработкой тест-систем с применением технологии ДНК-микрочипа. Наш подход основан на объединении метода полимеразной цепной реакции и гибридизации амплифицированных фрагментов на матрицу аллель-специфичных олигонуклеотидов на микрочипе. При проведении анализа, на этапе двухстадийной ПЦР происходит синтез фрагментов анализируемого локуса, которые служат матрицей для наработки коротких одноцепочечных фрагментов ДНК, меченых флуоресцентной меткой (зондов). В процессе гибридизации на поверхности микрочипа происходит образование комплементарных дуплексов зонд-мишень и флуоресцентный сигнал считывается с помощью сканнера. Специальное программное обеспечение анализирует полученные данные согласно разработанным критериям и выдает список найденных мутаций, полиморфизмов, вариантов аллелей в анализируемом образце.

В настоящее время компанией выпускается набор «Муковисцидоз-БиоЧип» для определения 25 наиболее часто встречающихся мутаций в гене CFTR среди больных муковисцидозом (встречаются у 85-90% заболевших в России). Данный набор успешно применяется для подтверждения первичного диагноза заболевания и в исследованиях на предмет носительства при планировании беременности. Недавно компания провела разработку и апробировала усовершенствованный набор «Муковисцидоз-28-Микрочип», который определяет дополнительно еще три мутации (E92K, L138insATC и 394delTT) с высокими частотами встречаемости в отдельных регионах России. В настоящее время набор проходит процесс получения регистрационного удостоверения.

Процесс проведения анализа легко масштабируем по количеству анализируемых образцов и выполняется на протяжении нескольких часов. Преимуществом является возможность немедленного анализа клинических образцов по мере их поступления в течение рабочего дня. При определении уже известных мутаций такая скорость анализа выгодно отличает ДНК-микрочип от диагностических методов с использованием NGS-секвенирования, которые требуют дополнительного времени для накопления образцов, трудоёмкой пробоподготовки и сложной обработки данных.